Struktur Organisasi APKA ini merupakan Struktur Organisasi Matrix, Para Wakil Ketua Umum bertindak sebagai sebagai fungsional yang bertindak sebagai pembuat Program Kerja sedangkan Para Ketua Kompartemen bertindak sebagai Sumber Daya ( baik tenaga maupun materi).
Ketua Umum: Ir. Mawardi Iyad
Wakil Ketua Umum Bidang Pembinaan Anggota: Ir. Hartono AS, MM
Wakil Ketua Umum Bidang Standarisasi & Sertifikasi: Ir. Harjono Jahi
Wakil Ketua Umum Bidang Pendidikan & Pelatihan: Ir. Singgih Abadi, MM
Wakil Ketua Umum Bidang Hukum, Advokasi, Mediasi & Arbitrasi: Edy Subaryono, SH
Sekretaris Jenderal: Ir. Soebagio PS, MM
Wakil Sekretaris Jenderal: Drs. Daryanto, MM
Bendahara Umum: Ir. Dedy Kelana Putra
Manager Administrasi & Umum: Tri Noviatri, SE, MT
Manager Humas & Hubungan Kelembagaan: Drs. Sukendar Mulya
Manager Pembukuan & Kas: Karmana
Urusan Administrasi: Zaki
Urusan Basis Data: Derry Pirmansyah
Urusan Umum: Karmana
Ketua Kompartemen Mekanikal: Ir. Indrajono, MM
Ketua KOmpartemen Sintelis: Ir. Abdul Madjid Arsjad
Ketua Kompartemen Sipil & Arsitektur: Ir. Tahan Siahaan
Ketua KOmpartemen Operasi KA: Drs. Djoko Martojo
Ketua Kompartemen Sistem dan Manajemen KA: Ir. Irwan Nazif S, MM
Majelis Pertimbangan
Ketua: Ir. Sjahedi
Wakil Ketua: Ir. Marsono
Sekretaris: Ir. Sondang Kirana
Anggota: Drs. Badar Zaenie
Ir. Urip Subagjo, MM
Ir. Amien Abdurachman
Badan Verifikasi: Drs. Hadijono, MM
Badan Pengkajian
Ketua: Ir. Taufik Hidayat
Wakil Ketua: Ir. Adi Sufiadi Yusuf, Msc
Sekretaris: Ir. Lita Murti Hastanti, Mstr
Anggota: Prof. Ir. Partosiswojo
Prof. DR. Anang Z Gani, Msie
Prof. DR. Marjono
Prof. DR. Ir. Yanuarsyah Haroen
Ir. Bambang Wibiyanto, Msc
Ir. Bambang Parintis, Mip
